Bei einer Endoskopie werden Körperhohlräume und Hohlorgane mit Hilfe eines Endoskops betrachtet.
Während der Endoskopie kann der Arzt eine Gewebeprobe entnehmen (Biopsie) oder sogar eine endoskopische Operation durchführen. Eine weiterführende Diagnostik ist durch die Kombination der Endoskopie mit Röntgenaufnahmen oder Ultraschall möglich.
Die Endoskopie ist vorwiegend für die Untersuchung der Innenflächen von Hohlorganen geeignet. Eine Endoskopie ist vom Mund bis zum After möglich. Bei der operativen Endoskopie können Operationen mit Hilfe des Endoskops ohne große Hautschnitte ausgeführt werden, z.B. Polypenentfernung im Magen-Darm-Kanal oder in der Blase. Siehe auch Laparoskopie.